1914 wurde die Luthergemeinde als Tochter der St. Lorenz Gemeinde gegründet. Erster Pastor war Wilhelm Mildenstein, der weit über Lübeck hinaus bekannt war wegen seines Engagements für die plattdeutsche Sprache. Die Gemeinde feierte Gottesdienste in einem Mehrzwecksaal, der 1936 abgerissen wurde – so konnte 1937 einer der wenigen Kirchbauten während der NS-Zeit entstehen. Der Bau wurde möglich, weil die Gemeinde seinerzeit als vorbildlich im nationalsozialistischen Sinne galt.
Dies war auch der Grund, warum sich Karl Friedrich Stellbrink 1934 auf die Stelle des verstorbenen Pastors Mildenstein bewarb. Er setzte große Hoffnungen auf die NS-Bewegung und wollte im Kreis Gleichgesinnter arbeiten. Doch mit der Zeit wuchsen seine Zweifel am System und schließlich wurde er zum offenen Kritiker. Mit drei katholischen Kaplänen tauschte er verbotene Schriften und kritische Informationen aus. Im Frühjahr 1942 wurden die vier Geistlichen verhaftet und am 10.11.1943 nach einem Urteil des Volksgerichthofes hingerichtet. Ihr konfessionsübergreifender Widerstand ist historisch einzigartig. Als „Lübecker Märtyrer“ sind sie nach dem Krieg weit über die Hansestadt hinaus bekannt geworden.
In der Nachkriegszeit prägte der Zuzug von Flüchtlingen und Heimatvertriebenen das Leben in der Gemeinde. Der aus Danzig stammende Pastor Gerhard Gülzow war 25 Jahre in „Luther“ aktiv, aber auch landsmannschaftlich hoch engagiert, und ist bis heute vielen älteren Menschen tief in Erinnerung geblieben.
Nachdem die Gemeinde auf fast 16.000 Mitglieder gewachsen war, wurden die Tochtergemeinden „Bugenhagen“ und „Melanchthon“ gegründet. Anfang der 1960er Jahre wurde ein Neubau für den zehn Jahre zuvor gegründeten Gemeindekindergarten errichtet, 1993 wurde das Haus durch das heutige moderne Kita-Gebäude ersetzt.
Die Zahl der Gemeindeglieder schrumpfte nun zunehmend und im Jahr 2000 kehrte der Einzugsbereich der Melanchthon-Gemeinde per Fusion zur Mutterkirche zurück. Die zusammengeschlossene Gemeinde heißt nun „Luther-Melanchthon“.
In den Jahren 2013/2014 wurden umfassende Baumaßnahmen vorgenommen. Die Kirche erhielt eine neue Heizung und der Altarbereich wurde im Rahmen eines Künstlerwettbewerbs neu gestaltet.